pyxtal.interface package

Submodules

• pyxtal.interface.LJ module
  • FIRE
    • FIRE.check_convergence()
    • FIRE.initialize()
    • FIRE.run()
    • FIRE.step()
    • FIRE.symmetrized_coords()
    • FIRE.symmetrized_force()
    • FIRE.symmetrized_stress()
    • FIRE.update()
  • GPa2eV
  • LJ
    • LJ.calc()
  • get_neighbors()
• pyxtal.interface.ase_opt module
• pyxtal.interface.charmm module
  • CHARMM
    • CHARMM.FFTGrid()
    • CHARMM.clean()
    • CHARMM.execute()
    • CHARMM.read()
    • CHARMM.run()
    • CHARMM.write()
  • PRM
    • PRM.merge()
    • PRM.parse()
    • PRM.to_file()
    • PRM.to_string()
  • RTF
    • RTF.merge()
    • RTF.parse()
    • RTF.parse_mass()
    • RTF.to_file()
    • RTF.to_string()
  • check_prm()
• pyxtal.interface.dftb module
  • DFTB
    • DFTB.get_calculator()
    • DFTB.run()
  • DFTB_SCF()
  • DFTB_relax()
  • Dftb
    • Dftb.check_state()
    • Dftb.command
    • Dftb.discard_results_on_any_change
    • Dftb.implemented_properties
    • Dftb.read_eigenvalues()
    • Dftb.read_electrons()
    • Dftb.read_energy()
    • Dftb.read_fermi_levels()
    • Dftb.read_forces()
    • Dftb.read_results()
    • Dftb.write_dftb_in()
    • Dftb.write_input()
  • make_Hamiltonian()
• pyxtal.interface.gulp module
  • GULP
    • GULP.clean()
    • GULP.execute()
    • GULP.read()
    • GULP.run()
    • GULP.set_catlow()
    • GULP.to_ase()
    • GULP.to_pymatgen()
    • GULP.to_pyxtal()
    • GULP.write()
  • GULP_OC
    • GULP_OC.clean()
    • GULP_OC.execute()
    • GULP_OC.read()
    • GULP_OC.run()
    • GULP_OC.write()
  • optimize()
  • single_optimize()
• pyxtal.interface.lammpslib module
  • LAMMPS_collections
  • LAMMPSlib
    • LAMMPSlib.calculate()
    • LAMMPSlib.get_forces()
    • LAMMPSlib.get_potential_energy()
    • LAMMPSlib.get_stress()
    • LAMMPSlib.update()
    • LAMMPSlib.write_lammps_data()
    • LAMMPSlib.write_lammps_data_water()
    • LAMMPSlib.write_lammps_in()
  • convert_cell()
  • is_upper_triangular()
  • opt_lammpslib()
  • run_lammpslib()
• pyxtal.interface.vasp module
  • VASP
    • VASP.clean()
    • VASP.read_OSZICAR()
    • VASP.read_OUTCAR()
    • VASP.read_bandgap()
    • VASP.run()
    • VASP.set_vasp()
    • VASP.to_pymatgen()
    • VASP.to_pyxtal()
  • VASP_relax()
  • optimize()
  • single_optimize()
  • single_point()